НПМ-БАН притежава акредитация по докторските програми „Зоология“ и „Ентомология“ със срок на валидност от 6 години. Годишно се обучават 3—5 докторанти, които най-често продължават своята кариера в БАН. През годините до сега, 21 са специалистите получили в музея научни степени „доктор“ и „доктор на науките“, а други 8 се обучават понастоящем.
На докторантите се осигуряват възможности за участие в екипите на проекти с външно финансиране, както и подкрепа чрез научно ръководство в проектите на БАН и Фонд „Научни изследвания“ на МОН. Създават се условия за успешна научна работа чрез осигуряване на съвременна материална база, търсенето на възможности за ползване на съвременни подходи в научните изследвания, осъществяването на контакти с водещи специалисти, провеждането на обучение чрез специализации и краткосрочни посещения във водещи европейски институции в рамките на различни научни програми.