Сега НПМ издава едно списание и три поредици:
1.
Historia naturalis bulgarica (1989—). Списанието публикува научни приноси по зоология, ботаника, палеонтология и минералогия и оригинални статии по история на природните науки и природонаучните институции.
2.
Biodiversity of Bulgaria (3 тома, от 2001). Всеки том от поредицата е сборник от статии с публикуваната и оригинална информация за видовете животни и растения в даден район. Така се поставя началото на една амбициозна идея за регионални обзори, които систематизират информацията за интересните във фаунистично, флористично, зоогеографско и природозащитно отношение райони на България. Това е първият подобен проект на Балканския полуостров.
3.
Bureschiana (1 том, от 2008). Поредица от монографии. Първият том е посветен на високопланинските сухоземни ненасекомни членестоноги (Isopoda, Myriapoda, Arachnida) на Източното полукълбо.
4.
Acarorum Catalogus (1 том, от 2008). Поредицата представлява каталог на акарите в света. В първия том са разработени две надсемейства.
Освен периодичните издания през последните години НПМ издаде и книги като Caves and Speleology in Bulgaria; Biogeography and Ecology of Bulgaria; Prime Butterfly Areas in Bulgaria; Бозайниците, важни за опазване в България и др.